生物工程专业自2004年开始本科招生，2016年联合培养研究生，现为学校一流本科建设专业。

专业共有专任教师11人，其中教授3人、副教授4人、具有博士学位教师8人，硕士生导师5人。近三年主持国家级课题3项，省部级以上课题10余项，在国内外学术期刊上发表科研论文50多篇，申请国家发明专利30余项。本专业教师年轻而富有活力，多人屡次荣获学校“我心目中的好老师”、“优秀班主任”、“教学优秀奖”、“教学十佳”、“教坛新秀”等荣誉称号。

专业旨在培养具备较为扎实的生物学基础知识及分析和解决生物工程专业相关问题的能力，具有家国情怀、高度社会责任感、基础理论扎实、创新实践能力强的专业应用型工程技术人才。现有专业实验室800平方米，拥有全自动发酵装置、荧光定量PCR仪、AKTA蛋白质层析纯化系统和DNA凝胶成像系统等专业仪器设备。学校建立了包括浙江泛亚制药、艾吉泰康生物科技、知其生物、钱江生化等行业知名企业在内的校外实习基地，为实践教学提供了良好的条件保障。

近五年来，生物工程专业学生主持国家级创新创业项目7项，主持浙江省新苗人才项目5项，主持校级重点SRT项目50项。学生在挑战杯、“互联网＋”大赛等各类学科竞赛赛事上取得优异成绩，获得第十六届“挑战杯”课外科技作品竞赛国家一等奖、第七届“互联网+”创新创业大赛国家金奖等多个重要奖项，是我校大学生学科竞赛的主力军。近三年，考研录取率达42.7%，多人攻读华东理工大学、江南大学、苏州大学等国内知名高校研究生。